Bērnam Aojamai ir zināšanas, kas salīdzināmas ar pieaugušo. Tāpēc klasesbiedri viņu bieži ķircina. Viņam ir arī simpātijas pret draudzīgo sievieti, kuru viņš nesen satika zobārstniecības kabinetā. Kādu rītu viņa apkārtnē mistiski sāk parādīties pingvīni. Neviens nezina, no kurienes viņi nāca un kā viņiem izdevās tur nokļūt. Aojama ir apņēmības pilna uzzināt vairāk, un viņš pievienojas savai jaunajai simpātijai pingvīnu izpētē.

Laikam ejot, viņi atklāj levitējošu sfēru, ko viņi sauc par “Jūra”. Viss, kas nonāk jūrā, neatgriežas, un vienīgie, kas to var iznīcināt, ir pingvīni. Tomēr, kad pingvīni dara, tiek radīts kaut kas šausminošs…

Pingvīnu lielceļš seko Aajamai un sievietes pētījumiem par noslēpumaino pingvīnu izcelsmi, kā arī daudzajām grūtībām, ar kurām Aojama saskaras izmeklēšanas laikā.