Vidusskolnieks Hodaka Morišima aizbēg no mājām un nonāk Tokijā, kur viņš iepazīst bāreņu meiteni Hinu. Izrādās, ka viņa spēj kontrolēt laikapstākļus, un abi kopā viņi var mainīt pasauli uz visiem laikiem.

Kādā lietainā rītā Tokijā Takao Akizuki, topošais kurpnieks, nolemj izlaist nodarbību, lai ieskicētu dizainu skaistā dārzā. Šeit viņš pirmo reizi satiek Yukari Yukino, skaistu, bet noslēpumainu sievieti. Piedāvājot izgatavot savus jaunos apavus, Takao turpina tikties ar Yukari visu lietus sezonu, un, pat nemanot, abi spēj atvieglot savās sirdīs apslēptās raizes, vienkārši esot vienam ar otru. Tomēr viņu personīgās cīņas nav zudušas pilnībā, un, tuvojoties lietus sezonas beigām, viņu attiecības tiks pārbaudītas.

Ir 2027. gads, un Kioto pilsēta ir piedzīvojusi milzīgu tehnoloģiju attīstību. Pilsētā dzīvo divas klasesbiedrenes: Naomi Katagaki, sociāli neveikls un intraverts zēns; un Ruri Ichighyou, meitene ar aukstu raksturu, kas bieži vien ir rupja pret cilvēkiem. Neskatoties uz to, ka Naomi dalās ar Ruri lasīšanas mīlestību, viņa nedraudzīgās dabas dēļ baidās viņai tuvoties. Kādu dienu, pastaigājoties, Naomi redz, kā debesīs uz īsu brīdi izurbjas tumšsarkanā polārblāzma, pirms tā pazūd. Neilgi pēc tam viņš sastopas ar trīskāju vārnu un noslēpumainu kapuci, kurš atklāj, ka ir Naomi no 10 gadiem nākotnē, paskaidrojot, ka ir ieradies, lai mainītu nenovēršamu traģisku notikumu, kas notiek ar Ruri drīz pēc tam, kad viņi sāk satikties. Sākotnēji viņa vārdus uztverot ar sāls graudu, tagadējā Naomi izpilda sava nākotnes norādījumus un sāk tuvināties Ruri, apņēmības pilni viņu glābt. Vai viņš spēs mainīt nākotni?

Tūkstošgades komēta atkal gatavojas parādīties debesīs ilgi gaidītajam, it kā piepildot visu to cilvēku vēlmes, kuri to redz debesīs virs sevis. Protams, Satoši un draugi ir vienlīdz ieinteresēti Tūkstošgades festivālā, it īpaši, ja viņi apmeklē Lielā Butlera burvju priekšnesumu. Vēl interesantāks ir Batlera īpašumā esošais noslēpumainais kokons, no kura Masato dzird noslēpumainu saucienu! Kad Džirači iznāk no miega, Masato iegūst jaunu draugu — diemžēl tikai dažas dienas, kad debesīs parādās Tūkstošgades komēta. Masato ļoti vēlas pavadīt laiku kopā ar savu jauno draugu, taču Lielajam Butleram ir savi plāni attiecībā uz Džirači, kas nav tik draudzīgi. Viņš vēlas atdzīvināt leģendāro Groudonu, un Džirači, iespējams, varētu izpildīt šo vēlmi. Vai Masato, Satoši, Haruka un Takeši var apturēt Batleru un izglābt Džirači, pirms Groudons atkal parādās, lai valdītu postā pār zemi?

Vienmēr ir tie, kas cenšas savaldīt un notvert retos pokemonus, un ir tādi, kas aizsargās šos īpašos pokemonus no ļaunajiem spēkiem. Pirms četrdesmit gadiem tieši tas notika, kad Selebija atklāja, ka bēg no ļaunā mednieka, un palīgā steidzās jauns treneris vārdā Samijs. Viņi pazuda, kļūstot par vēl vienu dīvainu leģendu, ko stāsta pilsētnieki. Mūsdienās Ešs un draugi ierodas mežā, un, lai gan stāsts par Samiju un Selebiju sākumā varētu šķist tieši tāds — stāsts —, viņi uzzina patiesību, kad zēns un pokemons atkal parādās! Lai gan abi atgūstas no mokošā pārbaudījuma, kas ilgs četrdesmit gadus, lietas ne vienmēr uzlabojas — joprojām ir cilvēki, kas vēlas notvert Selebiju! Šoreiz tas ir Dzelzs masku marodieris, un viņa plāns varētu būt pagaidām nežēlīgākais. Viņš ir aprīkots ar Dark Balls, kas padara ikvienu tajās sagūstīto pokemonu bezprātīgi paklausīgu un ļaunu. Vai Ešs, Semijs, Mistija un Broks spēj izturēt apsēstā Selebija spēku un atjaunot to līdz patiesajam es?

Cilvēku pasaule ir kritusi zem titānu graujošā spēka. Upurējot savu brīvību, cilvēce patvērās augstās pilsētās, cerot, ka izdzīvojušie būs drošībā.