Stāsts sākas ar augstākā līmeņa detektīva Harija Gudmena pazušanu, un tagad viņa 21 gadu vecajam dēlam Timam ir jānoskaidro, kas īsti ir noticis. Viņam talkā nāks tēva partneris detektīvs Pikaču – asprātīgs un apburošs pokemonu slepenpolicists, kurš ir mīkla pat pats sev. Atskārtuši, ka viņi neizskaidrojamā veidā spēj sazināties viens ar otru, Tims un Pikaču apvienos spēkus, lai izmeklētu noslēpumaino pazušanas gadījumu, un atklās briesmīgu sazvērestību, kas var apdraudēt visu pokemonu pasauli.

Anubis, seno ēģiptiešu ļaunums, kuru pirms gadsimtiem uzveica Jugi alter ego, ir atgriezies pie precīzas atriebības. Izmantojot Astotā tūkstošgades priekšmeta spēku, Anubis ir apņēmības pilns iznīcināt Jugi un pārņemt pasauli.

Tūkstošgades komēta atkal gatavojas parādīties debesīs ilgi gaidītajam, it kā piepildot visu to cilvēku vēlmes, kuri to redz debesīs virs sevis. Protams, Satoši un draugi ir vienlīdz ieinteresēti Tūkstošgades festivālā, it īpaši, ja viņi apmeklē Lielā Butlera burvju priekšnesumu. Vēl interesantāks ir Batlera īpašumā esošais noslēpumainais kokons, no kura Masato dzird noslēpumainu saucienu! Kad Džirači iznāk no miega, Masato iegūst jaunu draugu — diemžēl tikai dažas dienas, kad debesīs parādās Tūkstošgades komēta. Masato ļoti vēlas pavadīt laiku kopā ar savu jauno draugu, taču Lielajam Butleram ir savi plāni attiecībā uz Džirači, kas nav tik draudzīgi. Viņš vēlas atdzīvināt leģendāro Groudonu, un Džirači, iespējams, varētu izpildīt šo vēlmi. Vai Masato, Satoši, Haruka un Takeši var apturēt Batleru un izglābt Džirači, pirms Groudons atkal parādās, lai valdītu postā pār zemi?

Vienmēr ir tie, kas cenšas savaldīt un notvert retos pokemonus, un ir tādi, kas aizsargās šos īpašos pokemonus no ļaunajiem spēkiem. Pirms četrdesmit gadiem tieši tas notika, kad Selebija atklāja, ka bēg no ļaunā mednieka, un palīgā steidzās jauns treneris vārdā Samijs. Viņi pazuda, kļūstot par vēl vienu dīvainu leģendu, ko stāsta pilsētnieki. Mūsdienās Ešs un draugi ierodas mežā, un, lai gan stāsts par Samiju un Selebiju sākumā varētu šķist tieši tāds — stāsts —, viņi uzzina patiesību, kad zēns un pokemons atkal parādās! Lai gan abi atgūstas no mokošā pārbaudījuma, kas ilgs četrdesmit gadus, lietas ne vienmēr uzlabojas — joprojām ir cilvēki, kas vēlas notvert Selebiju! Šoreiz tas ir Dzelzs masku marodieris, un viņa plāns varētu būt pagaidām nežēlīgākais. Viņš ir aprīkots ar Dark Balls, kas padara ikvienu tajās sagūstīto pokemonu bezprātīgi paklausīgu un ļaunu. Vai Ešs, Semijs, Mistija un Broks spēj izturēt apsēstā Selebija spēku un atjaunot to līdz patiesajam es?

Kopš novatoriskā NerveGear izlaišanas spēlētājiem no visas pasaules ir dota iespēja piedzīvot pilnībā ieskaujošu virtuālo realitāti. Sword Art Online (SAO), viena no jaunākajām konsoles spēlēm, piedāvā ieeju brīnišķīgajā Aincrad pasaulē — spilgtā viduslaiku ainavā, kurā lietotāji var darīt jebko iztēles robežās. Līdz ar šīs vispasaules sensācijas izlaišanu spēlēšana nekad nav bijusi tik reālistiska. Tomēr idilliskā fantāzija ātri vien kļūst par brutālu murgu, kad SAO radītājs spēlē ieslodzīja tūkstošiem spēlētāju. “Atteikšanās” funkcija ir noņemta, un vienīgais veids, kā izvairīties, ir pārspēt visus Aincrad simts arvien grūtākos līmeņus. Pastiprinot cīņu, jebkura spēles nāve kļūst pastāvīga, izbeidzot spēlētāja dzīvi reālajā pasaulē. Kamēr Kazuto “Kirito” Kirigaya bija paveicies būt par spēles beta testētāju, viņš ātri atklāj, ka, neskatoties uz savām priekšrocībām, viņš viens pats nevar pārvarēt SAO izaicinājumus. Sadarbojoties ar Asunu Yuuki un citiem talantīgiem spēlētājiem, Kirito cenšas stāties pretī šķietami nepārvaramiem pārbaudījumiem.