Stāsts sākas ar augstākā līmeņa detektīva Harija Gudmena pazušanu, un tagad viņa 21 gadu vecajam dēlam Timam ir jānoskaidro, kas īsti ir noticis. Viņam talkā nāks tēva partneris detektīvs Pikaču – asprātīgs un apburošs pokemonu slepenpolicists, kurš ir mīkla pat pats sev. Atskārtuši, ka viņi neizskaidrojamā veidā spēj sazināties viens ar otru, Tims un Pikaču apvienos spēkus, lai izmeklētu noslēpumaino pazušanas gadījumu, un atklās briesmīgu sazvērestību, kas var apdraudēt visu pokemonu pasauli.

Vienmēr ir tie, kas cenšas savaldīt un notvert retos pokemonus, un ir tādi, kas aizsargās šos īpašos pokemonus no ļaunajiem spēkiem. Pirms četrdesmit gadiem tieši tas notika, kad Selebija atklāja, ka bēg no ļaunā mednieka, un palīgā steidzās jauns treneris vārdā Samijs. Viņi pazuda, kļūstot par vēl vienu dīvainu leģendu, ko stāsta pilsētnieki. Mūsdienās Ešs un draugi ierodas mežā, un, lai gan stāsts par Samiju un Selebiju sākumā varētu šķist tieši tāds — stāsts —, viņi uzzina patiesību, kad zēns un pokemons atkal parādās! Lai gan abi atgūstas no mokošā pārbaudījuma, kas ilgs četrdesmit gadus, lietas ne vienmēr uzlabojas — joprojām ir cilvēki, kas vēlas notvert Selebiju! Šoreiz tas ir Dzelzs masku marodieris, un viņa plāns varētu būt pagaidām nežēlīgākais. Viņš ir aprīkots ar Dark Balls, kas padara ikvienu tajās sagūstīto pokemonu bezprātīgi paklausīgu un ļaunu. Vai Ešs, Semijs, Mistija un Broks spēj izturēt apsēstā Selebija spēku un atjaunot to līdz patiesajam es?

Tiesiskums un tā izpilde ir mainījušies. 22. gadsimtā Japāna ievieš Sibillas sistēmu, kas ir objektīvs līdzeklis, lai noteiktu katra pilsoņa apdraudējuma līmeni, pārbaudot viņu garīgo stāvokli, vai nav noziedzīga nodoma pazīmes, kas pazīstama kā viņu Psycho-Pass. Inspektori ievēro likumu, pakļaujot, bieži vien ar nāvējošu spēku, ikvienu, kam ir vismazākā ļaunprātība; līdzās viņiem ir izpildītāji, noguruši inspektori, kas kļuvuši par latentiem noziedzniekiem, kuriem ir piešķirta relatīva brīvība apmaiņā pret inspektoru netīro darbu veikšanu. Šajā pasaulē ienāk Akane Tsunemori, jauna sieviete ar patiesu vēlmi ievērot taisnīgumu. Tomēr, strādājot kopā ar veterānu Enforcer Shinya Kougami, viņa drīz uzzina, ka Sibillas sistēmas spriedumi nav tik perfekti, kā uzskata viņas kolēģi inspektori. Kad viss, ko viņa ir zinājusi, sagriezās pa galvu, Akane cīnās ar jautājumu par to, kas patiesībā ir taisnīgums un vai to var atbalstīt, izmantojot sistēmu, kas, iespējams, jau ir korumpēta.