Anubis, seno ēģiptiešu ļaunums, kuru pirms gadsimtiem uzveica Jugi alter ego, ir atgriezies pie precīzas atriebības. Izmantojot Astotā tūkstošgades priekšmeta spēku, Anubis ir apņēmības pilns iznīcināt Jugi un pārņemt pasauli.

Tūkstošgades komēta atkal gatavojas parādīties debesīs ilgi gaidītajam, it kā piepildot visu to cilvēku vēlmes, kuri to redz debesīs virs sevis. Protams, Satoši un draugi ir vienlīdz ieinteresēti Tūkstošgades festivālā, it īpaši, ja viņi apmeklē Lielā Butlera burvju priekšnesumu. Vēl interesantāks ir Batlera īpašumā esošais noslēpumainais kokons, no kura Masato dzird noslēpumainu saucienu! Kad Džirači iznāk no miega, Masato iegūst jaunu draugu — diemžēl tikai dažas dienas, kad debesīs parādās Tūkstošgades komēta. Masato ļoti vēlas pavadīt laiku kopā ar savu jauno draugu, taču Lielajam Butleram ir savi plāni attiecībā uz Džirači, kas nav tik draudzīgi. Viņš vēlas atdzīvināt leģendāro Groudonu, un Džirači, iespējams, varētu izpildīt šo vēlmi. Vai Masato, Satoši, Haruka un Takeši var apturēt Batleru un izglābt Džirači, pirms Groudons atkal parādās, lai valdītu postā pār zemi?

Vienmēr ir tie, kas cenšas savaldīt un notvert retos pokemonus, un ir tādi, kas aizsargās šos īpašos pokemonus no ļaunajiem spēkiem. Pirms četrdesmit gadiem tieši tas notika, kad Selebija atklāja, ka bēg no ļaunā mednieka, un palīgā steidzās jauns treneris vārdā Samijs. Viņi pazuda, kļūstot par vēl vienu dīvainu leģendu, ko stāsta pilsētnieki. Mūsdienās Ešs un draugi ierodas mežā, un, lai gan stāsts par Samiju un Selebiju sākumā varētu šķist tieši tāds — stāsts —, viņi uzzina patiesību, kad zēns un pokemons atkal parādās! Lai gan abi atgūstas no mokošā pārbaudījuma, kas ilgs četrdesmit gadus, lietas ne vienmēr uzlabojas — joprojām ir cilvēki, kas vēlas notvert Selebiju! Šoreiz tas ir Dzelzs masku marodieris, un viņa plāns varētu būt pagaidām nežēlīgākais. Viņš ir aprīkots ar Dark Balls, kas padara ikvienu tajās sagūstīto pokemonu bezprātīgi paklausīgu un ļaunu. Vai Ešs, Semijs, Mistija un Broks spēj izturēt apsēstā Selebija spēku un atjaunot to līdz patiesajam es?